بر اساس ماده (99) قانون برنامه سوم توسعه فرهنگی، اقتصادی و اجتماعی کشور، وزارت فرهنگ و آموزش عالی به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری تغییر نام داد و مأموریت‌های جدی و جدیدی در حوزه پژوهش و فناوری به وزارت محول شد. بر همین اساس قانون اهداف، وظایف و تشکیلات وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در شهریورماه 1383 به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید. بر اساس مواد (3) و (4) این قانون، تشکیل شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری با هدف ایجاد هماهنگی و یکپارچگی در سیاست‌گذاری کلان اجرایی در حوزه علوم، تحقیقات و فناوری پیشبینی شده است. وظایف و اختیارهای شورا در قانون مذکور به شرح زیر ذکر شده است: اولویتبندی و انتخاب طرح‌های اجرائی بلند‌مدت سرمایهگذاری کلان در بخش‌های آموزشی و پژوهشی و فناوری؛ بررسی و پیشنهاد منابع مالی مورد نیاز در حوزه‌های علوم، تحقیقات و فناوری. به موجب قانون، دبیرکل خانه شورای عالی در وزارت علوم، تحقیقات و فناوری مستقر است و مصوبه‌های آن پس از ابلاغ ریاست محترم جمهور برای کلیه دستگاه‌های اجرایی کشور لازم‌الاجراست. بر اساس آیین نامه داخلی ساختار شورای‌عالی عتف به ترتیب:رئیس شورای عالی عتف (رئیس‌جمهور)؛ نایب رئیس شورای عالی عتف ( وزیر علوم، تحقیقات و فناوری)؛ دبیرکل شورای عالی عتف؛ کمیسیون دائمی؛ و کمیسیون‌های تخصصی بر اساس ماده (3) قانون اهداف، وظایف و تشکیلات وزارت علوم، تحقیقات و فناوری ترکیب و اعضای شورای عالی عتف به این ترتیب مشخص شده است: رئیس‌جمهور ؛ وزیر علوم، تحقیقات و فناوری؛ وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی؛ وزیر آموزش و پرورش. دو تا چهار نفر از اعضای هیئت دولت به انتخاب هیئت دولت؛ رئیس سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی کشور؛ رئیس نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها با اجازه ایشان؛ دو نفر از اعضای کمیسیون آموزش و تحقیقات به انتخاب مجلس شورای اسلامی به عنوان ناظر؛ رئیس بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران؛ رؤسای فرهنگستان‌های علوم، علوم پزشکی، هنر، زبان و ادبیات فارسی؛ سه نفر از رؤسای دانشگاه‌های دولتی (یک نفر از دانشگاه‌های علوم پزشکی) به انتخاب شورای مرکزی دانشگاه‌های مربوط؛ یک نفر از رؤسای دانشگاه‌ها و مؤسسه‌های آموزش عالی غیردولتی و غیرانتفاعی؛ سه نفر از دانشمندان و صاحبنظران دانشگاه‌ها و مراکز تحقیقات به انتخاب تشکل‌ها و انجمن‌های علمی؛ سه نفر از صاحبنظران بخش‌های تولیدی و خدماتی خصوصی با معرفی رئیس‌جمهور. · مصوبات شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری در چارچوب این قانون پس از تایید رئیس جمهور برای کلیه مؤسسه‌های آموزشی و تحقیقاتی و دستگاه‌های اجرایی لازم‌الاجرا است.